显微镜以显微原理进行分类，可以分为偏光显微镜、光学显微镜和电子显微镜、数码显微镜。
1、偏光显微镜（Polarizing microscope）是研究所所谓的透明与不透明各向异性材料的一种显微镜，在地质学等理工科专业中有重要应用。
2、光学显微镜通常皆由光学部分、照明部分、机械部分组成。光学显微镜可以将物体放大1600倍，分辨的最小极限达到0.1微米。
3、电子显微镜具有与光学显微镜相似的基本构造特征，但其具有比光学显微镜高得多的对物体的放大及分辨本领，将电子流作为一种新的光源，使物体成像。
4、携帯式显微镜主要是近几年发展起来的数码显微镜和视频显微镜系列的延伸。
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